Севастопольский морской Аквариум-музей - один из старейших публичных аквариумов в Европе, является старейшим морским аквариумом страны. Он был основан в 1897 г при Севастопольской биологической станции, которая является не только старейшей русской станцией, но и пятой в мире по времени ее создания. Идея создания Аквариума принадлежит первому директору Севастопольской биологической станции академику А.О. Ковалевскому.

Он добился строительства специального здания для биологической станции с морским аквариумом на берегу Севастопольской бухты, на месте бывшей Николаевской батареи. Чтобы организовать строительство на должном уровне А.О. Ковалевский специально ездил за границу - во Францию, в Италию, изучая постановку дела на биологических станциях в Неаполе, Виллафранке, на Средиземном море, Аркароне, на Атлантическом побережье. В то время аквариум имел всего один зал, где демонстрировались обитатели Черного моря. Помещение морского аквариума выступало на северо-западной стороне здания в виде четырехугольной террасы. Внутри помещения находились 7 пристенных аквариумов (общим объемом 18 м3) и центральный бассейн на 24 м3. Все бассейны аквариума были заполнены черноморской ихтиофауной. Аквариум был открыт для посетителей бесплатно 3 дня в неделю (воскресенье, вторник, четверг). Ученье СБС читали лекции о жизни Черного моря организованным группам посетителей. Еще до открытия Аквариума ученые СБС собирали и изготавливали коллекции рыб Черного моря.

Формирование музея и дальнейшая деятельность морского аквариума связана с именем крупнейшего русского гидробиолога академика С.А. Зернова, который руководил Севастопольской биологической станцией с 1901 по 1914 годы. Из-за тяжелого материального положения Станции С.А. Зернов хлопотал о введении входной платы в Аквариум. 6 апреля 1904 года была установлена входная плата в Аквариум три дня в неделю, в остальные дни публика посещала Аквариум бесплатно. С 1902 года начал формироваться музей СБС, который пополнялся образцами биологического материала в Черном и Мраморном морях. Музей развивался медленно из-за отсутствия помещения. Благодаря хлопотам С.А. Зернова к зданию Станции в 1912 году было пристроено южное крыло, где разместился музей.
"...Музей, в котором работающий в настоящее время учёный персонал сосредоточит все результаты своих работ по изучению Чёрного моря, даст полную возможность следующим поколениям служащих станции легко ознакомиться с составом черноморской фауны и её распределением и идти дальше в изучении Чёрного моря, а занимающиеся на станции всегда будут иметь возможность легко и наглядно ознакомиться с тем материалом, который им может дать Чёрное море... О просветительном значении музея для посетителей - конечно, не приходится распространяться" (С.А.Зернов.)

Начавшаяся в 1914 году Империалистическая война сделала невозможной работу в море. Годы первой мировой войны, Великой Октябрьской социалистической революции, Гражданской войны поставили СБС в исключительно тяжелые условия, в которых она с трудом сохраняла работоспособность, своё ценное имущество и Аквариум. В этот период времени обязанности заведующего станцией исполняла Л.И. Якубова.

Только после установления Советской власти в Крыму, с 1920 года, несмотря на крайнюю материальную необеспеченность, работы Станции начинают развиваться под руководством заведующего В.Н.Никитина. Аквариум был открыт для посетителей ежедневно, кроме понедельника. За 1925 год его посетило 16260 человек, из них 8100 экскурсантов. В 1926 году в аквариуме погиб ценный экземпляр белуги, проживший в бассейне 26 лет.

В 1928 году Аквариум и частично музей были открыты для осмотра 6 дней в неделю. Красноармейцы и краснофлотцы, а также учащиеся местных школ осматривали коллекции бесплатно. Количество посетителей за год - 20196 человек, из них 11391 - экскурсанты. В основной коллекции насчитывалось 15880 экземпляров, из них на выставке 526 экземпляра.

В 1934 и 1935 годах к зданию станции было пристроено северное крыло, повторившее по архитектурному оформлению южное крыло, и надстроен четвертый этаж над центральной частью. В новом северном крыле был отведен отдельный зал для музея. В 1934 году в Севастопольском аквариуме авторы-режиссеры А.М. Згуриди и Б.Г. Долин отсняли научно-популярный фильм "В глубинах моря".

Во время Второй Мировой войны зданию аквариума повезло. Оно было лишь частично разрушено, в то время, как весь Севастополь лежал в руинах. На тот день экспозиция была небольшой, но, к сожалению, вследствие сильных морозов и постоянных бомбёжек, была безвозвратно утеряна.

После освобождения Севастополя 9 мая 1944 года директором Севастопольской биологической станции был назначен доктор биологических наук профессор В.А. Водяницкий, с именем которого связаны важнейшие этапы истории аквариума - восстановление аквариума из руин и строительство нового аквариума. В 1948 - 1950 годах велись работы по строительству здания и монтажу морского аквариума.

Летом 1951 года аквариум был открыт для посетителей. В.А. Водяницкий писал: "В текущем году вновь восстановлен и открыт аквариум станции, который знакомит посетителей с основными представителями фауны и флоры Черного моря". Аквариум занимал особую часть здания Биологической станции, расположенную в нижнем этаже, где помещалось 12 стенных аквариумов и центральный бассейн общим объемом 45 куб.м. В аквариуме были представлены 30 видов черноморских животных, среди них очень редкие "гости": морской чёрт и солнечник. В том же году в издательстве АН УССР вышел путеводитель "Аквариум Севастопольской биологической станции имени А.О. Ковалевского" под редакцией В.А. Водяницкого.

В 1958 г. в связи с усиленным освоением биологических ресурсов океанов и морей большое развитие получили морские экспедиции, в которых участвовали научные сотрудники СБС и привозили интересные экспонаты для музея. В 1959 г. в аквариуме было представлено уже более 30 видов различных обитателей моря. С годами возрастал поток экскурсантов. Количество посетителей в один летний день в 1962 году достигало четыре тысячи человек.

В начале 60-х годов Севастопольская биологическая станция была реорганизована в Институт Биологии Южных морей. Тогда же начинается строительство второго зала аквариума.

К 1965 году здание Института было расширено, и одновременно был построен новый Аквариум. Весной 1966 года Аквариум-музей ИнБЮМ АН УССР открыл двери для первых посетителей. Его экспозиция была размещена в 3-х залах. В центральном двенадцатигранном зале разместились двенадцать пристенных аквариумов и открыт центральный бассейн на 150 куб.м. В этих бассейнах разместили 45 видов черноморских животных. В двух других залах разместился музей. В первом зале - музей "Фауны и Флоры Черного моря". Во втором зале - музей фауны тропических морей.

"Проделана большая работа по организации музея… Коллекции и экспонаты были отлично смонтированы и оформлены, снабжены превосходными рисунками и объяснениями. Музей приобрёл характер не только биологический, но и океанографический." (В.А.Водяницкий)

За время существования Аквариума был накоплен большой практический опыт содержания различных морских животных в искусственных условиях. Ежегодно коллекция тропических морских животных значительно пополняется редкими представителями океанской фауны, подаренными музею аквариума коллекционерами - научными сотрудниками института.

C 1994г. Севастопольский Аквариум-музей находится в аренде ЗАО "Торговый дом Гесс и К°".

В этом же году была проведена поэтапная реконструкция и модернизация оборудования. Новые, замкнутые системы очистки воды позволили содержать в условиях Аквариума тропических рыб и беспозвоночных, очень чувствительных к качеству воды. Для приготовления воды используются специальные солевые смеси.

Севастопольский Аквариум-музей является широко известным культурно-просветительным учреждением. Ежегодно его посещает около 100000 человек. Экспозиция Аквариума-музея занимает три зала общей площадью около 200 м2.

В настоящее время в Аквариуме работают 4 зала:
- в первом зале демонстрируются характерные представители коралловых рифов. Небольшие размеры выставленных здесь аквариумов, позволяют посетителям подробно рассмотреть мелких рыб, креветок и беспозвоночных.
- второй зал представляет 2 самостоятельные секции: черноморскую и тропическую. Здесь построены 12 пристенных бассейнов объемом до 7 кубических метров каждый и круглый бассейн диаметром 9 метров, глубиной 2,5 метра. Каждый аквариум тропической секции имеет самостоятельную (отдельную) замкнутую систему для подготовки и очистки воды. Такие системы позволяют содержать в искусственных условиях даже тропических акул.
- в третьем зале музея собрана большая коллекция тропических экзотических животных - обитателей Индийского и Атлантического океанов.
- в последнем - четвёртом зале обитают представители пресноводных и рептилий. Здесь же находится очень интересный аквариум с оранжереей, имитирующей развалины древнего Камбоджийского храма.

В аквариумах созданы искусственные декорации, воспроизводящие ландшафт кораллового рифа. Декорации выполнены по оригинальным эскизам из акрилового пластика. Примененный материал прочен, не токсичен и совершенно безопасен для живых обитателей аквариумов. Прихотливые тропические рыбы и беспозвоночные прекрасно чувствуют себя среди искусственных скал и кораллов.

В 1999 году было реконструировано помещение старого Аквариума. В нем разместилась новая экспозиция экзотических пресноводных рыб и рептилий. Здесь в аквариумах также установлены системы очистки воды замкнутого цикла и декорации из акрилового пластика. Декорации воспроизводят характерный вид мест обитания представленных рыб.

Для содержания экзотических рептилий построены удобные обогреваемые террариумы. Декорации здесь выполнены по оригинальным эскизам из армированного бетона. Этот материал позволяет создать совершенные имитации скальных пород, дерева и др. практически любых размеров. Бетонные конструкции защищаются и гидроизолируются с помощью современных материалов. После окончательной окраски декорации приобретают вид естественных природных уголков. Все работы по созданию систем водоподготовки, освещения и декорированию экспозиции выполнены сотрудниками Севастопольского Аквариума.

C 2002 года Аквариум-музей начал строительство нового, пятого, зала, который планируется завершить к 2004 году. Предположительно, в нём должны разместиться представители крупных акул и скатов, светящиеся рыбы и беспозвоночные, а также обитатели фауны Дальнего Востока и Северного моря.